Les caractéristiques uniques qui rendent la diversité biologique insulaire si particulière la laisse également particulièrement fragile et vulnérable. Malgré le niveau élevé de biodiversité et la prévalence de l'endémisme, les espèces insulaires sont présentes en relativement faible nombre, ce qui les rend très vulnérables à l'extinction. De plus, parce que les espèces insulaires ont une capacité diminuée de dispersion et évoluent en concurrence avec relativement peu d'autres espèces, elles développent des stratégies de survie fondées sur l'interdépendance, la co-évolution, et le mutualisme plutôt que des mécanismes de défense contre une large gamme de prédateurs et de compétiteurs. En conséquence, de nombreuses espèces insulaires sont devenues rares ou menacées, et les îles enregistrent un nombre disproportionné d'extinctions d'espèces par rapport aux systèmes continentaux. Sur les 724 extinctions d'animaux enregistrées au cours des 400 dernières années, environ la moitié était des espèces insulaires. Au moins 90% des espèces d'oiseaux qui ont disparu au cours de cette période habitaient des îles.
La perte de biodiversité est une préoccupation particulière sur les îles. Le Rapport de la Conférence mondiale sur le développement durable des petits États insulaires en développement (
aussi connu sous Le Programme d'action de la Barbade pour le développement durable des petits États insulaires en développement, PAB), décrit la diversité biologique des écosystèmes insulaires comme «parmi la plus menacée au monde», en raison de leur petite taille, leur isolement et leur fragilité (Bridgetown, Barbade, 25 avril-6 mai 1994, annexe II, préambule, paragraphe 6). Plus récemment, l'Évaluation des écosytèmes pour le millénaire a conclu que les principaux moteurs de la perte de la biodiversité insulaire seraient soit en voie de continuer ou d'augmenter rapidement. Elle prévoit que les impacts des changements climatiques et de la pollution issue de la charge en éléments nutritifs deviendront de plus en plus sévères et que les impacts associés à la modification des habitats, à la surexploitation et, en particulier, aux espèces envahissantes demeureront élevés ou, dans ce dernier cas, très élevés.
Cette pression est fortement ressentie par les économies insulaires. Parmi les états les plus vulnérables des pays en développement, les petits États insulaires en développement(PEID) dépendent de la conservation et l'utilisation durable de la biodiversité insulaire pour leur développement durable.
Au cours du siècle passé, la biodiversité insulaire a été soumise à une pression intense de la part:
