La Conférence des Parties est l'organe directeur de la Convention, elle fait progresser la mise en œuvre de la Convention par des décisions prises lors de ses réunions périodiques.

Jusqu'à présent, la Convention a tenu huit (8) réunions ordinaires et une (1) réunion extraordinaire (cette dernière, dans le but d'adopter le Protocole sur la prévention des risques biotechnologiques, s'est tenue en deux parties). De 1994 à 1996, la Conférence des Parties a tenu annuellement ses réunions ordinaires. Suite à un changement de procédures en 2000, ces réunions se sont tenues moins fréquemment, à raison d'une tous les deux ans.

La dixième Réunion ordinaire de la Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique s'est tenue à Nagoya, au Japon (18 - 29 octobre 2010).